Đánh giá được tầm quan trọng của các vấn đề tâm lý đối với đối tượng học sinh nói chung và học sinh trường chuyên nói riêng, trường THPT chuyên Hà Nội- Amsterdam đã tiến hành đẩy mạnh công các tư vấn tâm lý học đường bằng việc thành lập Tổ tư vấn tâm lý học đường và thúc đẩy triển khai các hoạt động của phòng tư vấn tâm lý học đường.